Szkoła realizuje wielostronny partnerski projekt szkół Comenius – Program „Uczenie się przez całe życie”.
W ramach projektu Gdańskie Gimnazjum „Lingwista” współpracuje z następują cymi szkołami:
- IES Garci Mendes z El Carpio w Hiszpanii
- Rudolf-Koch-Schule z Offenbach w Niemczech
- Hekimoglu Alipasa Iikogretim Okulu z Istambułu w Turcji
- Escola Sekundaria Afonio Lopes Vieira z Leiria w Portugalii
- College la Rabieże z Jues-les-Tours we Francji
- Scuola Secondaria Di i Grado “Dante Alighieri” z Modugno we Włoszech
„Ulica Jacka Malczewskiego” przy współpracy z Samorządem Miasta Gdańska
„Gdańskie Miniatury” przy współpracy z Biurem Projektu Gdańsk i Metropolia – Europejska Stolica Kultury 2016 Kandydat
„Jezioro Jasień” we współpracy z Uniwersytetem Gdańskim
„Morze Bałtyckie” przy współpracy z Akwarium Gdyńskim
„Gdańsk pod bronią” przy współpracy z Muzeum Historycznym Miasta Gdańska
Program wychowawczy oraz program profilaktyki realizowane przy współpracy ze Strażą Miejską oraz Policją
Doradztwo zawodowe